Naruto handlar om Uzumaki Naruto, en ninja som strävar efter titeln Hokage. Tolv år före historiens början attackerade en demonräv (Kyuubi som betyder Nio svansar) byn där huvudpersonerna är bosatta, Konoha. Räven härjade och dödade många människor, ända tills den Fjärde Hokagen förseglade räven inuti ett nyfött barn; Uzumaki Naruto. Den Fjärde Hokagen ville att byborna skulle se Naruto som en hjälte, men på grund av vad demonräven hade gjort såg många av invånarna i Konoha Naruto och räven som en och samma. Den Tredje Hokagen såg till att ingen yttrade ett ord om vad som hade hänt för att förhindra att nästa generation skulle få reda på det, och därför fick Naruto själv inte reda på det förrän vid tolv års ålder. Senare blir han en Genin och är en del av ett tremannalag bestående av Haruno Sakura, Uchiha Sasuke och deras ledare, Hatake Kakashi. Tillsammans möter de många utmaningar, skaffar vänner, stöter på farliga fiender och försöker samtidigt stå ut med varandra.

Naruto: Orkanskildringen, även känd som Naruto: Shippūden, utspelar sig två och ett halvt år efter att Naruto lämnat byn för att träna tillsammans med Jiraiya. När han återvänder får Naruto reda på att alla hans vänner har nått en högre rank; Chuunin. Med bara sex månader kvar att rädda Sasuke, stöter Naruto på ännu farligare fiender. Med tiden får man reda på mer om Akatsukis planer, och samtidigt börjar Naruto känna att han förlorar kraften över demonräven inom sig.