Bryssel 1942. Belgiens huvudstad är under tysk besittning. Gestapo har förlagt sitt högkvarter till hotell Moustic, där Spirou är piccolo. Bästa vännen Nicke är journalist på dagstidningen Le Soir, som kontrolleras av tyskarna.

Det Nicke inte vet är att Spirou under täcknamnet Den vallonska ekorren är en synnerligen aktiv medlem av motståndsrörelsen, och utnyttjar sin plats på hotellet för att spionera på tyskarna. Nicke har sina egna hemligheter, som de två nedskjutna amerikanska piloterna han gömmer under sängen i sin lägenhet. Han konstruerar också diverse avancerade uppfinningar med vilka han hoppas kunna bidra till segern mot tyskarna.
Operation Fladdermus av teamet Yann och Schwartz är ett äventyr som utspelas mitt under brinnande krig, med en hel del bakgrundsstoff ur verkligheten i form av bifigurer och faktiska händelser. Det är det andra albumet i serien av Extraordinära äventyr med Spirou och Nicke.