Serien hade en ganska "mörk" prägel och riktade sig till en lite äldre publik. Historierna var skrivna på vad som kallas moralabsolutism. Sköldpaddorna kämpade för det goda i världen, medan sköldpaddornas ärkefiende Shredder var en elaking. Fler figurer introducerades allt eftersom, och medan vissa av dessa var varken "goda" eller "onda" förblev huvudfigurerna "goda" eller "onda".

Sköldpaddornas namn är tagna från fyra renässanskonstnärer: Donatello, Leonardo, Michelangelo och Raphael. För femton år sedan muterades de av ett ämne kallat ooze och samtidigt muterades också deras mästare Splinter, en talande råtta. Mästare Splinter lärde ut stridskonsten ninjutsu till sköldpaddorna och det var även han som gav dem deras namn. Sköldpaddornas hemstad är New York City, där de bor i kloakerna.