Den talangfulle gymnasiedetektiven Shinichi Kudo blir förgiftad av några svartklädda män. Giftet (som man senare får veta heter Apotoxin 4869) får honom att han krympa så att han ser ut att vara 7 år gammal, men mentalt är han fortfarande den 17-årige Shinichi Kudo. Han fortsätter att lösa detektivgåtor under det falska namnet Conan Edogawa, men måste varje gång hitta på något sätt att få alla att tro att det är någon annan som löst fallet, för att inte dra till sig uppmärksamhet från de som förgiftat honom.
Ran Mori är 17 år gammal och går i samma klass som Shinichi. Hon är kapten för karatelaget och har vunnit stadskampen i karate. När Shinichi försvinner spårlöst efter att han och Ran varit på ett tivoli blir Ran väldigt orolig. Hon är nämligen kär i Shinichi, men hon vägrar erkänna det, varken för sig själv eller för någon annan.